C’est dans le domaine du son, filière atypique pour un futur réalisateur, que Philippe Lioret commence son parcours professionnel. Il apparaît ainsi au générique d’une vingtaine de films de 1980 à 1992, comme assistant, puis ingénieur du son pour des réalisateurs aussi variés que Michael Apted, Coline Serreau, Michel Drach, Claude Goretta, Robert Altman et Michel Deville avec qui il collabore sur plusieurs films et avec lequel il tisse des liens très proches.

En 1993, il passe à la réalisation en écrivant et dirigeant Tombés du ciel, avec Jean Rochefort, Ticky Holgado et Marisa Paredes, pour lequel il obtient le Prix de la mise en scène et celui du scénario au Festival de Saint-Sébastien.

Attaché à des acteurs fétiches, comme Jacques Gamblin, Sandrine Bonnaire puis Vincent Lindon, il choisit d’abord ses sujets en privilégiant la légèreté dans les thèmes profonds, comme dans Tenue correcte exigée (1997) et Mademoiselle (2000). En 2003, il tourne L’Équipier pour lequel il aura trois nominations aux César. En 2006, nouveau succès avec Je vais bien, ne t’en fais pas, qui décroche 5 nominations aux Césars dont meilleur film, meilleur réalisateur, meilleur scénario, et en obtient deux : meilleur espoir féminin pour Mélanie Laurent et meilleur acteur pour Kad Merad.

En 2009, il réalise Welcome, film engagé et sensible sur le thème des migrants, qui touche l’opinion et devient un succès public. Il obtient 10 nominations aux César dont meilleur film, meilleur réalisateur et meilleur acteur. Sa comparaison du sort des immigrés clandestins avec celle des Juifs durant la Seconde Guerre mondiale est néanmoins sévèrement critiquée par des historiens comme Henry Rousso qui y voit de l’« ignorance » et de la « provocation »1, mais qui affirme aussi que : « Le propos du film de Philippe Lioret a néanmoins le mérite d’attirer l’attention sur un point : un pays comme la France, qui a connu des poussées de xénophobie et a participé au génocide des Juifs, devrait être averti et vigilant sur ces pratiques discriminatoires envers des enfants et des adultes sans protection. »

En 2010, il se mobilise pour la cause des travailleurs étrangers en situation irrégulière en grève aux côtés de nombreux cinéastes et artistes2.

En novembre 2011 sort Toutes nos envies, librement inspiré du livre D’autres vies que la mienne d’Emmanuel Carrère, avec à nouveau Vincent Lindon, et Marie Gillain, nommée au Césars pour ce film.

Longs métrages
1993 : Tombés du ciel
1997 : Tenue correcte exigée
2001 : Mademoiselle
2004 : L'Équipier
2006 : Je vais bien, ne t'en fais pas
2009 : Welcome
2011 : Toutes nos envies
2016 : Le Fils de Jean

Courts métrages
1984 : Tout doit disparaître
1994 : 3000 scénarios contre un virus - segment La Sirène
1995 : 1, 2, 3 lumières !
2001 : 12 regards sur le racisme au quotidien - segment Pas d'histoires
2005 : Tue l'amour (série talents Cannes 2005)
2005 : Vache-qui-rit (série talents Cannes 2005)