Johan van der Keuken nait le 4 avril 1938 en Amsterdam et commence sa carrière par la photographie dès l’âge de 12 ans. Cinq ans plus tard, en 1955, il publie son premier livre de photos, intitulé Wij zijn 17 (« Nous avons dix-sept ans »). L’année suivante, il suit les cours de l’IDHEC à Paris « parce que, dit-il, il n’existait pas de bourses pour étudier alors la photographie », et commence à réaliser ses premiers films. Ses photos et textes sur le cinéma et la photographie sont publiés dans divers magazines. Il fait un bref passage au journal Haagse Post, en tant que critique de cinéma (1960-1961).

Dès le début des années 1960, il se consacre à la réalisation de ses films documentaires, osant l’expérimentation et imposant sa subjectivité. Filmant lui-même ses images, privilégiant des plans souvent longs, des détails, jouant sur la répétition, le mouvement, il s’impose rapidement comme un cinéaste talentueux. C’est au milieu des années 1970 que grandit sa popularité : ses travaux commencent à être montrés à Montréal et à Paris.

À partir de 1977, il signe une chronique intitulée Uit de wereld van een kleine zelfstandige (« Du monde d’un petit entrepreneur ») dans la revue cinématographique Skrien (nl). Outre la réalisation de très nombreux films, Van der Keuken publie plusieurs recueils de photos, organise des installations et des expositions (notamment au Centre national d’art et de culture Georges-Pompidou en 1987), et dirige des séminaires dans de nombreuses écoles de cinéma en Europe et aux États-Unis.

Il voyage dans le monde entier en compagnie de son épouse Nosh van der Lely, qui tient le micro et le magnétophone. Alors qu’il apprend en 1998 qu’il ne lui reste plus que quelques années à vivre, il consacre son temps à regarder et à écouter. Son film, Vacances prolongée (2000) traite de son combat contre le cancer. Il meurt l’année suivante. Son dernier film, Présent inachevé, fait l’ouverture du Festival international du film de Rotterdam en 2002.

1960 Un dimanche
1960 Un moment de silence
1960 Paris à l'aube
1962 Lucebert, peintre-poète
1962 Opland
1963 La Vieille dame
1964 L'Enfant aveugle
1964 Le Garçon indonésien
1965 Beppie
1965 Quatre murs
1966 Un film pour Lucebert
1966 Herman Slobbe, l'enfant aveugle 2
1968 Le Chat
1968 L'Esprit du temps
1970 Beauty
1970 Vélocité : 40-70
1973 La Porte
1973 La Leçon de lecture
1973 Le Mur
1973 Vietnam Opera
1974 Les vacances du cinéaste
1975 Les Palestiniens
1977 Maarten and the double bass
1983 Le Temps
1984 Jouets
1986 I [love] $
1986 La Question sans réponse
1989 Le Masque
1994 Si tu sais où je suis, cherche-moi
1994 Lucebert, temps et adieux
1996 Amsterdam afterbeat
1997 To sang fotostudio
1998 Derniers mots, ma soeur Joke
1999 Temps/Travail
2001 Présent inachevé